配送中心的總體設計要在保證安全的前提下提高運作效率。配送中心會有貨物的堆積和存儲，在配送中心里，安全是第一要義，一方面是保證工作人員的安全，一方面是保證貨物的安全。主要是在于防火、防水兩方面，如果貨品中有易燃易爆產品的話，需要做好安全防患隔離處理，并且做好消防設計。配送中心的總體設計也要讓物流配送環節可以高速運轉起來，總體設計要布局緊湊，既能保證建筑物之間必要的防火間距，又能節省用地，以減少建設投資，要有利于各種設施、設備效能的充分發揮，保證各種設施設備的有效利用，提高勞動效率和配送中心的經濟效益。
配送中心要根據倉庫設施的功能分區布置。根據配送中心的業務流程設置作業場所，設計內部的物流路線，確定各作業場所的建筑面積及其設施、設備等。不同類型和型號的裝卸機械所需要的道路寬度不同，應根據所選用的機械設備計算。精細化的設計分配，確保配送中心可以在運轉的時候更加有效率，更加能夠為其他環節帶來配合。
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